学校拥有第一附属医院、附属省立医院、附属合肥市第一人民医院、附属口腔医院、第四临床学院（合肥市第二人民医院）、第五临床学院（六安市人民医院）、第六临床学院（巢湖市第一人民医院）、杭州临床学院（杭州市第三人民医院）、解放军八一临床学院（中国人民解放军第81医院）、解放军临床学院（解放军第105医院）、精神卫生临床学院（合肥市第四人民医院）、妇幼保健临床学院（合肥市妇幼保健院）、解放军八一临床学院（中国人民解放军第81医院）、滁州临床学院（滁州市第一人民医院）、山东皮肤病临床学院、上海皮肤病性病临床学院、合肥口腔临床学院（合肥市口腔医院）、儿科临床学院（省立儿童医院）、宿州临床学院（宿州市人民医院）、解放军306临床学院（北京中国人民解放军第306医院）、解放军307临床学院（北京中国人民解放军第307医院）、空军临床学院（北京中国人民解放军空军总院）、北京军区总医院临床学院（北京中国人民解放军军区总院）、新疆临床学院（新疆维吾尔自治区人民医院）、附属安庆医院等30余家临床教学实习医院；拥有合肥市疾病控制中心等预防医学、卫生管理及其他专业实践教学基地40余家；分布于本省各市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东等省市。